A paragem dos Três Morretes já era mencionada em um mapa de 1653 e começou a ser povoada a partir do sítio de João de Almeida, ainda no final do século XVII, que se fixou num largo remanso do Rio Nhundiaquara.

As mercadorias vindas pelo Itupava embarcavam nas pequenas canoas em Porto de Cima e pouco abaixo de Morretes eram baldeadas para barcos maiores antes de seguirem viagem a Paranaguá. Em 1770 o Ten. Cel. São Paio mandou fazer significativas melhorias na ligação terrestre com Porto de Cima que terminaram por transferir a função do Porto do Contrato para a localidade de Morretes ao mesmo tempo em que se iam abandonando o Porto do Padre Veiga, na foz do Rio do Pinto com o desvio da Estrada do Arraial para o mesmo destino.

Assim, Morretes foi se tornando um importante entroncamento comercial que atingiu o auge da prosperidade econômica e política entre os anos de 1820 e 1880 quando toda a erva-mate extraída no planalto passava por engenhos de soque movidos pela força dos rios da região antes de serem exportados por Paranaguá. A decadência se iniciou com a chegada da estrada da Graciosa e tornou-se irreversível com a inauguração da ferrovia que tornou mais vantajoso beneficiar o mate em Curitiba.

Morretes ainda contou com um último surto de progresso durante a passagem dos imigrantes italianos que dominavam processos avançados de fermentação e destilação, originando a famosa cachaça artesanal Morreteana. Hoje sobrevive basicamente do turismo gerado pelo seu prato típico, o Barreado.